Den ældste del af Holmen, Nyholm længst mod nord, er i dag stadig militært område, men frit tilgængeligt i dagtimerne. Stedet er på én gang et massivt stykke Danmarkshistorie og en enestående samling af arkitektur af højeste kvalitet, fra bindingsværk og barok til beton og dansk funktionalisme. Langt størstedelen af bygningerne og arealerne omkring dem er heldigvis i dag fredede. Tre flådefartøjer fra perioden efter Anden Verdenskrig, fregatten Peder Skram, torpedobåden Seehested og u-båden Sælen, er i dag museumsskibe: https://skibenepaaholmen.dk
